Am 29. Juni 1700, dem Namensfest der Apostel Peter und Paul, fand die erste hl. Messe in der damals neuerbauten Kirche statt.

Zu dieser Zeit stand im Park von Haus Hemer noch die alte romanische St. Vitus-Kirche, die von 1124 bis zur Reformation Pfarrkirche gewesen war. Urkundlich erwähnt wird sie erstmalig im Jahre 1702. Belegt ist auch, dass sie nach der Reformation, die in Hemer in der zweiten Hälfte des 16. Jahr- hunderts eingeführt wurde, den Namen St. Vitus behielt und im Jahre 1818 abgebrochen wurde.

Durch die Industrieansiedlung im Raume Hemer wuchs die Bevölkerung und somit auch die Zahl der Katholiken. Der Saal von Haus Hemer, der für die Gottesdienste genutzt wurde, erwies sich bald als zu klein. Der Hausgeistliche Menzen und der hemersche Richter Fley richteten ein Bittschreiben an den Bischof von Hildesheim. Dieser ließ auf seine Kosten in den Jahren 1697 bis 1700 die jetzige Pfarrkirche bauen.

Der Fürstbischof, der sich Jobst Edmund von Brabeck zu Letmathe und Hemer nannte, ließ nicht nur durch den Mendener Steinmetz Arnold Lamberts den Bau der Kirche errichten, sondern stiftete auch die barocke Einrichtung. Einige Teile dieser heute noch vorhandenen Einrichtung wurden von Mitgliedern der Familie von Brabeck bezahlt.

Familie von Brabeck verkaufte 1812 die Besitzung Haus Hemer an Carl Heinrich Löbbecke aus Braun- schweig. Familie Löbbecke wiederum verkaufte die Besitzung Haus Hemer im Jahre 1957 an die katholische Kirchengemeinde St. Peter und Paul.

Bereits im Jahre 1858, die Zahl der Katholiken war auf 1500 Seelen angewachsen, wurden Pläne zur Erweiterung der Pfarrkirche gefertigt, die allerdings in abgeänderter Form erst in den Jahren 1898/99 zur Ausführung kamen. Diese Erweiterung kann als Glücksfall bezeichnet werden: Das Hauptschiff mit Turm wurde erhalten und ein Querhaus mit rechteckigem Chorraum in gleicher Höhe angebaut.

Im Jahre 1906 erfolgte die Ausmalung der Kirche im neugotischen Stil, die während einer Renovierung in den Jahren 1957/58 wieder entfernt wurde. Die ursprünglich barocke Ausmalung ließ man freilegen und ergänzte sie im Anbau. Die Pfarrkirche St. Peter und Paul wurde in den Jahren 1957 bis 1961 mit erheblichem Aufwand restauriert. Zwanzig Jahre später fand eine erneute Renovierung des Innenraumes statt, die die Konzilbeschlüsse berücksichtigte.

Im Jahr 2006 wurde die Kirche von außen restauriert und dabei wie zur Erstellungszeit verputzt.

St. Peter und Paul besitzt die einzige erhaltene Orgel von Johann Jacob John. Das Historische Schnitzwerk stammt von dem Bildhauer Johannes Sasse aus Attendorn.